Santorini está conectada mediante vuelos regulares con el aeropuerto internacional El. Venizelos de Atenas y con el puerto del Pireo. Hay vuelos diarios operados por Olympic Airways y Aegean Airlines. Puede informarse sobre las conexiones por barco y comprar sus billetes a través de OpenSeas. Asimismo, hay conexión frecuente con las islas vecinas (Miconos-Creta-Paros, etc.).

Al aeropuerto internacional de Santorini llegan todos lo veranos vuelos chárter procedentes de toda Europa.

En la isla puede trasladarse bien alquilando un coche, o en taxi y autobús.